耿京士不敢走大路，只能改名换姓，扶着何玉燕沿山道辗转前行。何玉燕已有身孕，翻山越岭十分艰难，几次险些从崖边跌落，耿京士心中愧疚，她却从不埋怨，反而苦中作乐。无相亲自下山探望何其武，将何玉燕和耿京士的消息告诉他，何其武喜出望外，急着想见二人，无相劝他暂且忍耐。耿京士与何玉燕一路餐风宿露，还要躲避努尔哈赤派来的追兵。何玉燕体力不支时，耿京士便背着她走，二人历尽艰辛，眼看离武当越来越近，何玉燕也将临盆，耿京士为未出世的孩子取名耿玉京。

　　连日大雨不停，耿京士见前方有座破庙，便带何玉燕进去避雨，打算次日再去见何其武。他安顿好何玉燕后外出寻柴，不禁想起往事。当年何其武把何玉燕许配给大弟子戈振军，可何玉燕与二师兄耿京士彼此相爱。也是一个雨夜，耿京士欲带何玉燕私奔，却被戈振军撞见。何玉燕跪求他放行，戈振军忍痛成全二人，让他们远走高飞，别让武当派蒙羞。自那以后，戈振军心魂仿佛也随何玉燕而去，无颜回去面对何其武，甚至想以死谢罪，幸被青蜂针常五娘救下。常五娘当场表白爱意，戈振军心中却只有何玉燕，她也并不在意。

　　后来戈振军在酒馆饮酒，偶然听说耿京士投靠努尔哈赤，气得酒未喝完便离开。耿京士担心师父不肯宽恕自己，也不愿何玉燕夹在中间为难，决定冒雨连夜回去请罪。他赶到时，远远看见一个戴面具的黑衣人正死死掐住何其武的脖子，冲进去相救已来不及，何其武已经身亡。耿京士急忙追凶，何管家进屋见何其武遇害，又发现现场有一封霍卜托留给耿京士的信，便认定凶手是耿京士。何管家连夜去找戈振军，说亲眼见到耿京士杀害何其武。戈振军赶到破庙问罪，只见何玉燕在内，何玉燕不信耿京士会弑父，戈振军却说得斩钉截铁。

　　耿京士随后赶回，戈振军拔剑相向。耿京士解释自己刚才是去追杀害何其武的真凶，何管家又赶来作证，并要同他拼命，耿京士连忙闪避，何管家却一头撞在石头上气绝。戈振军拿出那封信指证耿京士，耿京士一时解释不清郭璞就是霍卜托，也说不明为何深夜回去见何其武，何玉燕因而生疑。戈振军不由分说挥剑刺向耿京士，要为何其武报仇。就在此时，何玉燕生下儿子耿玉京，耿京士赶去查看，戈振军趁机一剑刺穿他的身体。耿京士用尽力气道出真相，称无极死于武当派内奸的无极掌，何其武也被那内奸所害。耿京士当场死去，戈振军怔住。何玉燕将耿玉京托付给戈振军，随即紧抱耿京士，让剑深深刺入自己体内，夫妻二人相拥而亡，戈振军抱着襁褓中的孩子痛哭。

　　之后，戈振军把耿玉京交给猎户蓝氏夫妇，谎称他是弃婴。蓝夫人抱孩子进屋喂奶，戈振军为保护其身世，让他改叫蓝玉京，与蓝氏夫妇的女儿蓝水灵以姐弟相称。戈振军出门看见常五娘，才知何管家是她所杀，心中更加自责，决意与她了断，回武当处理后事。常五娘以死相逼，发誓要跟他在一起，戈振军仍毅然离去。回到武当后，他向无相简述自己杀死耿京士的经过，无相让他留在武当修行，赐法号不岐。戈振军把耿京士的信交给无相，并说明武当派有奸细，无相让他暂时隐瞒此事，并照看好何家仅存的骨血耿玉京。无相又去见独行大盗郑铁岗商议，郑铁岗也觉事有蹊跷，他早收到无极飞鸽传书，怀疑武当派有内奸，只因缺少证据，只能寄望耿玉京长大后为何家洗冤。

　　多年征战后，努尔哈赤统一辽东，定都赫图哈拉，并有意再图中原。耿玉京已经长大，无相和戈振军到神农架看望他，见他无忧无虑，决定带他回武当习武，无相还将蓝水灵一同带回，让她拜入不悔门下。戈振军每日教耿玉京练功，常五娘攒够盘缠后劝他尽早离开武当。戈振军只想把耿玉京抚养成才，常五娘提醒他想清楚，若耿玉京日后得知他是杀父仇人，绝不会放过他。