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2010年，曾经的小学生们已经步入大学，八神太一、石田大和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者（松冈茉优配音）却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失。