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在《数码宝贝》冒险的3年后，数码世界又随即开始出现新的危机，为此而出现了新的被选中的孩子来拯救这个世界。除了高石武和八神光外，原本被选中的孩子们都进入了中学，他们不能再长时间地守护数码世界和他们的数码宝贝伙伴。某日，一位自称暴龙改造者的少年突然出现攻击数码宝贝，还利用黑暗螺旋环和黑暗塔企图控制数码宝贝们，妄图占领数码宝贝世界。在他的处处逼迫之下，数码宝贝迫于无奈展开战斗。新一代被选中的孩子们共3个，他们分别是本宫大辅、井上京和火田伊织，另外还有高石武和八神光继续参战。他们每个人都获得一台新的神圣计划——“D-3数码暴龙机”，他们以此通过电脑进入数码世界，另外一个用处是“装甲进化”，只要使用数码装甲就可以让他们的数码宝贝即使在黑暗力量的控制下，也可以完成进化.....