「我的名字叫尼基塔。」标题人物在开场白中对观众说，「六年前，我被政府的一个秘密机构带出监狱，他们将我训练成刺客。三年前，我逃走了。从那以后，他们一直在追杀我。我是第一个逃出来的人，但我敢保证，我绝不会是最后一个。」

Alex，一个来自底特律的年轻姑娘，将面临与尼基塔相同的命运。Alex参与了一起抢劫，但是行动出现了意外……当Alex醒来时，发现身边站着一个头发乱蓬蓬但是穿着一身西装的年轻男人。他自称「Michael」，是联邦政府的秘密雇员。Michael告诉Alex：「我们伪造了你的死亡，你以前的生活已经结束了。我们想给你一个全新的生活，但你必须全身心投入才行。」

漂亮的白人女孩，没有任何历史记录，没有背景，对谋杀有着特殊兴趣，对犯罪套路十分熟悉－－这样理想的间谍上哪去找？Alex根本就是个「完美杀手」。

于是，Alex的「新生活」就这样开始了。她加盟了一个秘密间谍机构－－没有人知道它的真实底细，只知道它的绰号叫「组织」。Alex与英俊、和善但是极度认真的Thom（Ashton Holmes扮演）很快成了好朋友，共同分享作为「间谍新人」的快乐与烦恼。但Alex与另一位新人Jaden（Tiffany Hines扮演）怎么也谈不来。Jaden似乎对「间谍」这个身份异常兴奋，渴望能尽早执行外勤任务，为她的祖国去杀人。资深间谍Amanda（Melinda Clarke扮演）专门负责训练Alex「利用女性的种种优点来诱敌上钩」，Alex对这位大姐姐很有好感。 与此同时，尼基塔正一步一步实施她的计划：她与曾经虐待她的养父见了一面，还公开参加已故未婚夫Daniel的葬礼（尼基塔将自己的真实身份告诉Daniel后，「组织」派人暗杀了Daniel）。她这么做的目的只有一个：让「组织」明白她已经回来了

「组织」的现任主管Percy（Xander Berkeley扮演）是一个名副其实的铁面人，不苟言笑，凡事都追求「干净」、「彻底」、「不留痕迹」。他此刻正忙于策划代号为「黑箭」的绝密刺杀行动（刺杀一名即将赴联合国演讲的非洲将军），根本无暇顾及尼基塔的步步紧逼。令所有人都没有料到的是，尼基塔不仅插手此次行动，而且面对面地警告Percy和Michael（尼基塔曾和Michael相爱）：她对「组织」的内幕了如指掌，她将不惜一切代价阻止「组织」、毁灭「组织」。